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L’homme est le seul responsable de l’extinction du seul perroquet indigène des États-Unis.

Les humains sont les « seuls responsables » de l’extinction du seul perroquet indigène des États-Unis, a confirmé leur étude génétique.

Le génome d’une perruche de Caroline empaillée, conservée dans une collection privée, a été séquencé par les scientifiques.

Les signes de consanguinité caractéristiques des animaux n’ont pas été trouvés dans l’ADN des oiseaux colorés, et ceux-ci ont également été réduits depuis de nombreuses années.

Au contraire, la séquence génétique suggère que les populations étaient en plein essor jusqu’à l’expansion des colons européens.

L’oiseau que l’on trouvait autrefois de la Nouvelle-Angleterre à l’est jusqu’au Colorado à l’ouest a ensuite disparu brusquement. Et son dernier spécimen captif est mort au zoo de Cincinnati le 21 février 1918.

Cet oiseau d’environ 13 pouces (33 cm) de long avait un plumage vert avec une tête jaune. Leurs habitats étaient des forêts anciennes le long des rivières et dans les marécages.

« De nombreuses espèces menacées ont été séquencées et ce qui semble être une tendance, c’est que lorsque les populations sont petites et en déclin pendant une longue période, cela laisse des signaux dans leurs génomes qui peuvent être reconnus », a expliqué le co-auteur Carles Lalueza-Fox, de l’Université de Barcelone.

« Même si vous avez un seul spécimen, comme ici, nous avons un génome du père et un génome de la mère ; deux copies de chaque chromosome. Si la population a été réduite pendant des milliers d’années, ces deux copies seront très similaires l’une à l’autre et sur de longues périodes, elles seront parfois identiques. »

Comme l’explique le Dr Lalueza-Fox, lorsqu’une population est importante, génétiquement, les deux copies de chromosomes seront plus différentes. C’est d’ailleurs ce que l’équipe a constaté chez la perruche de Caroline (Conuropsis carolinensis).

« La déduction est que cet oiseau n’a pas été soumis à un très long déclin démographique pendant des milliers d’années, c’était quelque chose de très rapide », a expliqué le généticien de l’Université de Barcelone.

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Le Dr Lalueza-Fox a fait remarquer que la perruche du soleil (Aratinga solstitialis), qui est le plus proche parent vivant de l’oiseau disparu, est originaire d’Amérique du Sud et présente une variation génétique bien moindre.

Cependant, le mécanisme précis de l’extinction de la perruche de Caroline reste mystérieux.

Il y a le rôle de la déforestation, ainsi que de la chasse et du piégeage, dans sa disparition. D’autres facteurs peuvent inclure les maladies et même la concurrence avec les abeilles domestiques non indigènes.

Les oiseaux étaient grégaires et se rassemblaient en grandes volées bruyantes. Ils revenaient à l’endroit où se trouvaient les oiseaux morts ou mourants, ce qui facilitait l’abattage en masse des volées pour les chasseurs, ont noté les observateurs contemporains.

John James Audubon, le naturaliste américain, avait commenté le déclin du nombre d’oiseaux en 1832. Au début du 20e siècle, les oiseaux avaient disparu à l’état sauvage.

Les oiseaux avaient également une adaptation génétique au régime toxique, dont les signes ont été découverts par les chercheurs. La perruche de Caroline aimait manger des coquerelles, une plante à fleurs grossières contenant une puissante toxine appelée carboxyatractyloside.

Il existe également des cas de chats qui ont mangé des perruches des Carolines et qui ont été retrouvés morts à cause de la toxine accumulée dans les tissus de l’oiseau.

Les deux protéines connues pour interagir avec le carboxyatractyloside ont subi les modifications génétiques qui pourraient sous-tendre une adaptation alimentaire à ce poison, ont découvert les chercheurs.

Il existe une cible pour la désextinction des oiseaux, discipline scientifique qui fait renaître les espèces disparues en les ramenant d’entre les morts.

Pour que l’oiseau ressemble à son parent éteint, on pourrait prendre la perruche du soleil et utiliser l’édition du génome pour modifier son code ADN. Mais à moins qu’il y ait des similitudes entre les deux espèces, ce sera loin d’être simple.

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« Si nous comparons les deux génomes, nous pouvons facilement voir qu’il existe une liste de plusieurs centaines de gènes codant pour des protéines qui ont été modifiés, et qui semblent également avoir une importance fonctionnelle », a déclaré le professeur Lalueza-Fox à BBC News.

« C’est une tâche énorme. Mais même si nous voulions le faire, pour autant que je sache, personne n’a été capable de cloner un oiseau… personne ne sait comment modifier quelque chose avant qu’il ne devienne un œuf.

« S’il y a quelque chose, ce génome illustre les énormes difficultés qui se cachent derrière les idées de dé-extinction. Je ne dis pas que c’est impossible, mais c’est incroyablement difficile. »

La dernière perruche de Caroline en captivité est morte au bout de quatre ans, le dernier pigeon voyageur était mort mais dans la même cage. L’expansion rapide de la population à travers les États-Unis au cours du 19ème siècle est la raison du déclin de ces deux oiseaux.

Après qu’un journaliste a découvert qu’un spécimen était conservé dans une collection privée à Espinelves, dans le nord-est de l’Espagne, le projet de séquençage du génome a commencé. L’oiseau empaillé avait été acquis par un ancêtre des propriétaires actuels.

L’étude a été publiée par la revue Current Biology.

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